Os órgãos de gestão no DECN são:

• Presidente do Departamento;
• Conselho do Departamento;
• Conselho Científico-Pedagógico;
• Comissão Executiva;
• Comissão de Gestão de Lugares de Investigador e Professor.

São ainda agentes de coordenação e gestão no DECN:

• Os coordenadores das áreas científicas;
• Aqueles a quem forem atribuídas tarefas de coordenação e ou gestão, para fins específicos, pelo presidente ou por outros órgãos de gestão do DECN.

O Conselho do Departamento inclui a Comissão de Estratégia, comissão permanente que elabora o Plano estratégico do DECN a médio prazo (cinco anos).

Este Conselho é constituído por membros permanentes (investigadores e professores, de carreira e convidados) e membros não-permanentes (um Representante dos Funcionários Técnicos e Administrativos, contratados em funções públicas) e membros cooptados da Comissão de Estratégia.